一類感染症 エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘瘡 (天然痘)、南米出血熱、マールブルグ熱、ラッサ熱の7疾患。擬似症患者及び無症状病原体保有者についても患者として、法で定める強制措置の対象となる。

二類感染症 急性灰白髄炎、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属、SARSコロナウイルスであるものに限る。）、鳥インフルエンザ（病原体がインフルエンザA属インフルエンザAウイルスであってその血清亜型がH5N1であるものに限る）の5疾患。政令で定められた結核、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る。）、鳥インフルエンザ（病原体がインフルエンザA属インフルエンザAウイルスであってその血清亜型がH5N1であるものに限る）の擬似症患者についても患者として、法で定める強制措置の対象となる。

三類感染症　コレラ、細菌性赤痢、（O157等）、腸チフス、パラチフスの5疾患。

四類感染症　E型肝炎、A型肝炎、黄熱、Q熱、狂病、炭疽、鳥インフルエンザ（H5N1型については二類感染症なので除かれる。）、ボツリヌス症、マラリア、野兎病の10疾患（法6条5項）と、ウエストナイル熱、エキノコックス症、オウム病、オムスク出血熱、回帰熱、キャサヌル森林病、コクシジオイデス症、サル痘、腎症候性出血熱、西部ウマ脳炎、、ダニ媒介脳炎、つつが虫病、デング熱、東部ウマ脳炎、ニパウイルス感染症、日本紅斑熱、日本脳炎、ハンタウイルス肺症候群、Bウイルス病、鼻、ブルセラ症、ベネズエラウマ脳炎 (未編集)" ベネズエラウマ脳炎、ヘンドラウイルス感染症" ヘンドラウイルス感染症、発しんチフス、ライム病、リッサウイルス感染症、リフトバレー熱、類鼻疽、レジオネラ症、レプトスピラ症、ロッキー山紅斑熱の31疾患（施行令）の計41疾患

五類感染症 全数把握"全数把握 -ウイルス性肝炎（E型及びA型肝炎を除く）、クリプトスポリジウム症、後天性免疫不全症候群、梅毒、アメーバ赤痢、急性脳炎（ウエストナイル脳炎及び日本脳炎を除く）、クロイツフェルト・ヤコブ病、劇症型溶血性レンサ球菌感染症、ジアルジア症、髄膜炎菌性髄膜炎、先天性風疹症候群、破傷風、バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症、バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)感染症、風疹、麻疹の16疾患

・小児科定点把握 - RSウイルス感染症、咽頭結膜熱、A群溶血性レンサ球菌咽頭炎、感染性胃腸炎、水痘、手足口病、伝染性紅斑、突発性発疹、百日咳、ヘルパンギーナ、流行性耳下腺炎の11疾患
・ インフルエンザ定点把握（小児科・内科） - インフルエンザ（鳥インフルエンザを除く）の1疾患
・眼科定点把握 - 急性出血性結膜炎、流行性角結膜炎の2疾患　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ・ ・STD定点把握（産婦人科・皮膚科・泌尿器科・性病科） - クラミジア感染症、ヘルペスウイルス感染症、尖圭コンジローマ、淋菌感染症の4疾患
・ 基幹定点把握（内科・外科を持つ300床以上の病院） - クラミジア肺炎（オウム病を除く）、細菌性髄膜炎（髄膜炎菌性髄膜炎を除く）、ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、マイコプラズマ肺炎、無菌性髄膜炎、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症の7疾患

以上の合計41疾患。

新型インフルエンザ等感染症 ブタインフルエンザ（H1N1亜型）は「新型インフルエンザ等感染症」として取り扱う。 新型インフルエンザ - 新たに人から人に伝染する能力を有することとなったウイルスを病原体とするインフルエンザであって、一般に国民が当該感染症に対する免疫を獲得していないことから、当該感染症の全国的かつ急速なまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるもの

再興型インフルエンザ - かつて世界的規模で流行したインフルエンザであってその後流行することなく長期間が経過しているものとして厚生労働大臣が定めるものが再興したものであって、一般に現在の国民の大部分が当該感染症に対する免疫を獲得していないことから、当該感染症の全国的かつ急速なまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるもの 疑似症患者であって当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のあるものも、患者とみなされ、法で定める強制措置の対象となる。 指定感染症既に知られている感染性の疾病（一類感染症、二類感染症、三類感染症及び新型インフルエンザ等感染症を除く。）であって、法で定める強制措置によらなければ当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあるものとして政令で定めるものをいう。　現在指定されている疾病はない。トリインフルエンザ（H5N1型に限る）は、2006年6月12日から2008年6月11日の間指定感染症として指定され、その後法改正により二類感染症となる。新感染症人から人に伝染すると認められる疾病であって、既に知られている感染性の疾病とその病状又は治療の結果が明らかに異なるもので、当該疾病にかかった場合の病状の程度が重篤であり、かつ、当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるものをいう。